El mito de Samaipata como un sitio Inca, surgido a partir de la lectura de las fuentes etnohistóricas, ha sido ampliamente superado: las investigaciones arqueológicas realizadas tanto en la enorme roca esculpida, como en varios sectores alrededor de la misma, demuestran claramente ocupaciones previas a la inca, así como un horizonte de destrucción y una última ocupación colonial, apuntando a un importante centro ceremonial y altamente sagrado en diferentes momentos. Los tallados realizados por los habitantes de tierras bajas, así como por los incas, indican al menos dos distintos conceptos religiosos; asimismo, las edificaciones expresan un diferente concepto de manejo del paisaje y del espacio. La ocupación inca afirma un uso que pasa del doméstico y sugiere ciertas relaciones con los habitantes originarios, permitiendo reevaluar Samaipata en su originalidad; de hecho, el ingenio y creatividad primigenios esculpidos en la roca, fueron en realidad el pivote principal que le valió su nominación como "Valor Histórico y de Legado a la Humanidad".